わかりやすいように伏線や謎をツリーの関連図形式まとめています。スマホだと文章に改行が入ってしまうのでちょっと見づらくなります。

（）内の数字は巻数、はっきりとした伏線がないものはヒントやキーワードのみなど、参考程度のものも一応含めています。全部確認していないので、抜けがあるかもしれません。どうしてもピンポイントでの指定が難しいものは省略しています。

組織の実態は伏線ではないけれど、必然的に触れる部分ではあるので、特にベルモットについては物語が終わる頃には明らかになると思われる。ジンについてはもしかしたら描いてくれるかも？

*1 ボスの特徴（67）「あの方（ボス）」のキーワード（24,42,49,58,67）

*2 灰原：「時の流れに人は逆らえないもの～」（20）「この地球のほとんどの人間にはその価値を見いだせない～」（38）　ピスコの発言：「ここまで君が進めていたとは～」（24）　高飛車な女：「時の流れに逆らって～」（37）

膨大な量の謎が残っているようだけれど

物語の始まりから終わりまでを繋ぐメインストーリーが組織編。「ボスの正体」は日常編における犯人であり、「組織の目的」は動機のようなもの。物語の重要なポイントになる、工藤新一や宮野志保を幼児化させた、組織が研究している謎の薬「APTX4869」が目的（動機）を達成するトリックのようなもの。

そして、APTX4869の研究者である宮野夫婦（エレーナ）。ボスと密接な関係にあり、現在歳を取らないと体とされているベルモット。ベルモットは幼児化のことを仲間に秘密にしていたり、コナンのことを「シルバーブレット」と期待している秘密を持っているが、彼女達が組織の根幹に迫るキーになるキャラ。

「全然進まない」という声もあるけれど、これらの謎は物語半ばで早々と判明はしない。特に組織編の二大テーマとなる「ボスの正体」「組織の目的」について。これは日常編で犯人、動機、トリックが明かされるのがその話の解決編となる最終話になるのと同じ。

また、「未解決の伏線が多すぎる」とも良く言われるけれど、その主がこの組織の根幹に関わる伏線であり、「未解決」（未回収）なのは解決するのは終盤になるから。

例えば、APTX4869の開発、板倉のソフトやPGを集めている理由は組織の目的を達成するための手段なので、目的がわかれば一気に回収される。

ベルモット編で言えば「小五郎が関わった事件の調書が盗まれた理由」のようなもの。「盗まれたのは新出先生が事件の証言をするため」という事実が単発で先に解決するわけではない。

まぁ、組織の目的は「板倉のソフトはこんなソフトです」「APTX4869はこんな薬です」というのを明らかにして、「さあ何をしたいのでしょう？」とやることもできるけど、やはりそれだけのヒントがでるのは本当に終盤になってから。

伏線が多いのは話が進むことによって伏線が追加されていくからなので、それだけ進んでいるということ。

これもベルモット編に例えると、序盤に「ラットゥンアップルアップル」などの怪しいキーワードが出て、バスジャックで灰原が組織臭を感じて、新出先生がコナンの前で声帯模写を披露して…などと新たな伏線が次々と出てきて、それを集めて統合すると一つの真相が見えるという具合。

点として散りばめられた伏線を線で結んでいくと最後はゴールにたどり着く。というのがこの漫画のスタイル。

「真相に近づく」＝「伏線が追加される」ということでもあるので、「真実にもっとも近づく」と謳われたミステリートレインのように、ゴールから逆算して距離を測らないと、真相に近づいていることが実感できずむしろ謎が増えてるように思えてしまうかもしれない。

「ボスの正体は○○です」と明らかになれば普段コナンを読んでいない人でもわかるけれど、「真相が解明する」のは前述したように物語の最後（終盤）。

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