現在進行形（ラム編）
組織編全般
- 未解決（未回収）の伏線・未解明の謎一覧
- 組織の行動履歴
- コンピューターウイルス【ナイトバロン】
- 組織が手に入れようとしたプログラマーのリスト
- 【黒の組織との再会】でのコナンの疑問
- APTX4869のデータが入ったＭＯ
- 儒良祭りの名簿
- 板倉卓のソフト
- 高飛車な女と猫の鳴き声
- 出島デザイン事務所
- コナンの探偵としての在り方を変えた出来事
- ベルモットが帝丹小学校を担当した時点で灰原を見つけられなかった理由
- 組織に狙われたお偉いさん
- ボスのメールアドレス【七つの子のメロディ】
- 組織の開発している薬【APTX4869】
- APTX解毒剤の効果と使用歴（法則性）
- エレーナの残したテープ
- 宮野夫婦の事故死の真相
- 宮野夫婦の研究目的
- ヘルエンジェルの意味
- あなたのいう黒ずくめの組織
- コナンが組織のプロジェクトに深く関わっている
- 幼児化した人間は成長するのか
- 灰原センサーの法則
- 組織の目的
- 置く場所のない考察退避
- 伏線かわからないもの
- 小ネタとか
- 雑学 名言その他色々
- 灰原の作らされていた薬
章別
バーボン編
- バーボン編について
- バーボン編｜蘭のコナン – 新一バレ
- バーボン編｜ボスは慎重居士
- バーボン編｜その他のメモ
- ミステリートレインの補足
- 来葉峠の真相
- 緋色シリーズ｜まさかあなたがボスの
- 緋色シリーズ｜来葉峠の計画について
- 緋色シリーズ｜ジェイムズが計画に気づいた件
- 緋色シリーズの補足
キール編
ベルモット編
- ベルモット編｜疑わしいのはあと二人
- ベルモット編｜シャロンの葬儀にいた日本の有名女優
- ベルモット編｜ＮＹの通り魔事件
- ベルモット編｜その他の疑問や伏線
- 二元ミステリー｜ハートのメールの送信者
- 二元ミステリー｜コナン＝灰原の小ネタ
- 二元ミステリー｜阿笠博士＝ボス否定の小ネタ
- 二元ミステリー｜飛行機の演出について
- 毛利小五郎が関わった事件の調書が盗まれた件
- ベルモットはいつから新出先生に変装していたのか
- FBIが灰原＝志保に気づいたタイミングときっかけ
*過去編は気長に復旧中